Lorsque François naît à Javier le 7 Avril 1506, la Navarre est encore un royaume indépendant. En 1512, la Navarre est annexée par la Castille, et toutes les places du royaume de Navarre sont démantelées. Le château de Javier n’y échappe pas. Le père de François meurt de chagrin en 1515, François a dix ans Il reste un corps de logis où la mère de François s’installe avec ses cinq enfants. Elle veille à leur éducation.
À 19 ans, François est à la Sorbonne à Paris en vue d’obtenir un diplôme de docteur en Théologie, dans une quinzaine d’années. Il ne sera jamais docteur en théologie, le Seigneur en décide autrement. François se dirige vers un rendez-vous qu’il n’a pas prévu. En 1523, François rejoint le petit groupe d’étudiants qu’Ignace de Loyola réunit autour de lui.
Ils sont sept étudiants. On se réunit chez l’un ou l’autre, on parle de l’Amour du Christ, de se dévouer aux plus pauvres. Ils cherchent… Un premier pas leur semble s’imposer : Ils partiront à Jérusalem dans la plus stricte pauvreté. Et si les obstacles les empêchaient de partir, ils iraient, après un an, se mettre à la disposition du Pape.
Le 15 Août 1534, (François a 28 ans), les sept amis montent à la petite chapelle des martyrs de Montmartre, à Paris, et prononcent leurs vœux de pauvreté, de célibat, de pèlerinage à Jérusalem, et de se mettre à la disposition du Pape si Jérusalem est inaccessible au bout d’un an.
Constatant que Jérusalem est inaccessible, ils se retrouvent tous à Rome à Pâques 1538. Là, en attendant l’audience pontificale, François prêche et confesse à l’Église Saint Louis des Français. Il catéchise les enfants.
En 1539, le Roi du Portugal, Jean III, demande au Pape la permission de s’attacher la collaboration de ces jeunes apôtres si zélés dont la réputation est parvenue jusqu’à la cour de Lisbonne. Le Roi Jean III désire les envoyer en mission d’évangélisation des possessions Portugaises d’Asie.
Le 15 mars 1540, François et son confrère Rodriguez quittent Rome pour Lisbonne ; François ne reverra plus ses compagnons. Avec Rodriguez, ils restent huit mois à Lisbonne où leur dévouement apostolique suscite dans Lisbonne et à la cour une telle admiration que le Roi désire les garder au Portugal. Le pape sollicité remet la décision à Ignace qui tranchera : Rodriguez, le portugais restera à Lisbonne, François partira pour les Indes.
Envoi de saint François-Xavier par saint Ignace (St Pierre de Rome). Enfin, le 7 Avril 1541, jour anniversaire de sa naissance, François s’embarque pour les Indes, Il a 35 ans. Son bagage se compose uniquement d’un vêtement chaud, de son bréviaire et d’un petit recueil d’écrits patristiques. François arrive à Goa le 6 Mai 1542, en qualité de Nonce Apostolique, ce qui lui donne les pleins pouvoirs du Pape sur les fidèles et les infidèles de l’Empire Colonial du Portugal en Asie.
Commence alors pour François une vie de missionnaire infatigable, entièrement confiée dans l’Esprit Saint et totalement dévouée aux hommes vers lesquels la Providence l’envoie. Comme les apôtres, François va enseigner, baptiser, réconcilier. Il proclame à tous la parole du salut, à temps et à contre temps. Sa pauvreté personnelle, ses austérités, son dévouement, sa prière, sa joie parleront au cœur des hommes plus que sa parole. Sa véritable prédication, c’est sa personne, sa vie, son exemple. Comme les apôtres, et à l’image de Paul, il implante l’Église laissant le soin à d’autres qu’il institue, le soin d’organiser et de former ces jeunes communautés.
A Goa, il renonce à la résidence qui lui est réservée et loge à l’hôpital. Il écrit à ses frères d’Europe :
Ici à Goa, je me suis logé à l’hôpital. Je confesse les malades qui s’y trouvent et je leur donne la Communion. Il y en a tant à venir se confesser que si j’étais divisé en dix morceaux, en chacun d’eux et partout j’aurai à les confesser. Ensuite, je confesse les bien-portants qui viennent me trouver…. Après avoir confessé les prisonniers, j’ai pris une chapelle de Notre Dame et je me suis mis à enseigner aux enfants le Credo et les commandements.
Le dimanche, il parcourt les rues de la ville, la clochette à la main pour rassembler les passants et les enseigner. Après cela il se rend près des lépreux en dehors de la ville. Le voici dans la vie trépidante d’un prédicateur – catéchiste – confesseur. L’évêque de Goa veut le garder près de lui.
A Goa, il concentre ses efforts sur le « Collège Saint Paul », où une soixantaine de jeunes venus de tous les pays des cotes de l’Océan Indien sont pris en charge par la couronne du Portugal. François veut en faire le foyer de formation du futur clergé indigène.
Saint François-Xavier prêchat aux Indiens. Moins de sept mois après son arrivée à Goa, le vice-roi l’envoie sur la « Côte des Paravers », c’est-à-dire chez les pécheurs de perles. Ce sont des misérables parmi les misérables. Il occupent l’avant dernier échelon de la hiérarchie des castes, juste avant le « parias ». Il y restera deux années.
Il invente une méthode d’enseignement religieux qui sera ensuite reprise par ses nombreux successeurs : Il fait traduire les vérités de la Foi par des indigènes bilingues, ainsi que les prières fondamentales, même au risque de quelques contre-sens. Il s’entraîne lui-même à les prononcer et même à les chanter avec eux, jusqu’à ce que l’auditoire les connaissent par cœur. Sa personne, son charme et son inépuisable charité faisaient le reste. Il écrit :
Nous disons d’abord le premier article de la Foi, et quand nous avons fini de le dire, je dis dans leur langue, et eux avec moi : Jésus, Christ, Fils de Dieu, donnez-nous la grâce de croire…
Comme nonce, il soutien, protège et nourrit ces pauvres communautés ; il paie des rançons pour les prisonniers ; il rétablit la paix entre deux tribus ennemies. Les résultats de cette mission sont surprenants. Il écrit à Ignace :
Dans ce Royaume, le Seigneur a invité beaucoup d’hommes à se faire chrétiens. En un mois, j’en ai baptisé plus de dix mille…
Jamais François n’oubliera ses chers Paravers.
En 1545, à la demande du vice-roi, il séjourne plusieurs mois à Malacca, maintenant Singapour. C’est déjà le plus grand port de commerce de l’extrême-orient. Il y découvre la vie de débauche de toute la population coloniale. Il use alors de la méthode directe. Il ne craint pas d’aller dans les nombreux tripots de la ville pour annoncer l’Évangile. Il prêche et confesse sans ménager sa peine, surtout dans les quartiers les plus pauvres et les plus mal famés.
En 1546, il a 40 ans, il part pour un voyage de deux années à travers les îles des Moluques, « la mer des pirates ». Il découvre à Amboine une autre sorte de « clientèle » à laquelle il ne s’attendait pas : Les portugais ont transformé huit navires en prison flottante pour incarcérer des marins espagnols récemment capturés. François s’efforce d’apporter à ces captifs tous les secours matériels et spirituels qui sont en son pouvoir.
En Juin 1546 il débarque à l’île de Ternate. Son catéchisme fait merveille et les chants de François retentissent bientôt partout. En Septembre 1546, il passe trois mois dans l’île du More. C’est une étape très périlleuse. La population est passée maître dans l’art du poison. Ils collectionnent les têtes coupées et sont friands de chair humaine. Un sourire et un baiser à l’un des chefs lui valent le respect de tous.
En Avril 1549, François s’embarque pour le Japon. Il désire rencontrer le roi du Japon. Il y débarque le 15 Août 1549. Il y restera jusqu’en octobre 1550. Tout se passe bien d’abord, mais les bonzes bouddhistes intriguent pour le faire partir. Il prêche dans la rue, c’est un échec total. Il ne rencontre pas le roi. Dans sa tenue de miséreux, François est molesté par les gardes du palais. Il est refoulé de toutes parts. Grâce à des cadeaux, il obtient le droit de prêcher en public. Il ne fait aucune conversion jusqu’au jour où l’adversaire le plus acharné de François se convertit et demande le baptême. François quitte le Japon en Août 1551. Plus de 500 japonais sont convertis. Au Japon, il rencontre un Chinois, qui se convertit. Il décide de partir pour la Chine. Pour aller en Chine, François repasse par le Moluques, Singapour et Goa. Là, il réorganise les églises, réconforte, et remet toutes choses en place. En partant pour la Chine, François sait qu’il risque sa vie ; soit du fait de la navigation dans des eaux infestées de pirates, soit en essayant de pénétrer dans un empire interdit à tout étranger qui punit les contrevenants par la torture et la mort.
En septembre 1552, il débarque à Sanciam, un petit îlot à dix kilomètres des cotes chinoises. C’est le repaire des pirates et des contrebandiers de cette zone maritime. Il y attend en vain son guide qui l’introduira clandestinement sur le continent. Il y décède de maladie le 3 décembre 1552 assisté de son fidèle compagnon chinois et d’un contrebandier. En Navare, la légende dit que lorsque Saint François-Xavier mourut, le Crucifix de la chapelle du château de Javier a transpiré des goûtes de sang, et c’est ainsi que la mère et le reste de la famille de François ont sû qu’il était mort.
Dix semaines plus tard, ils déterrent le corps et le transportent à Singapour. La dépouille de saint François Xavier est accueillie par de grandioses processions et des miracles lui sont attribués. La béatification de saint François-Xavier par Paul V a lieu le 25 Octobre 1619, la Canonisation par Grégoire XV le 12 Mars 1622.